空间转录组让研究者能够看到RNA信号在组织中的位置但在许多疾病机制和功能状态研究中蛋白才更接近细胞执行功能的层面。近期《Nature》上发表的一项关于活体健康供体肝脏空间图谱的研究正是一个从空间转录组发现走向空间蛋白组验证的案例。PCF80基于80抗体Panel可在组织原位进行空间单细胞蛋白组分析适合用于补充肝脏分区研究中的功能蛋白证据。在这项研究中研究者使用Visium分析所有肝脏样本并用Visium HD和MERFISH进行更高分辨率验证构建了健康人类肝脏的空间转录组参考图谱。研究不仅比较了活体健康供体与病理相邻正常组织还解析了门静脉到中央静脉轴上的基因表达差异。例如门静脉区涉及免疫、糖异生和Notch通路相关基因中央静脉区涉及异生物代谢、胆汁酸合成、脂质合成和葡萄糖转运相关基因。但空间转录组得到的是RNA层面的推断研究者进一步使用PCF空间单细胞蛋白组分析6例样本、检测48种抗体从蛋白层面对关键功能和细胞类型分区进行验证与拓展。对于类似研究PCF80可以在此基础上扩展到80抗体Panel把肝脏细胞身份、免疫状态、血管胆管结构、细胞增殖和代谢相关蛋白整合到同一分析框架中。PCF80不是替代空间转录组而是帮助把RNA线索转化为更直观的空间蛋白证据。PCF80尤其适合已有空转数据但需要进一步验证的肝脏课题。例如研究者想确认某一分区富集的基因信号是否对应到特定细胞群的蛋白表达想判断免疫相关变化是集中在门静脉区、血管周围还是病变邻近区域想分析脂肪变性或纤维化背景下哪些细胞状态发生改变想比较健康供体、相邻正常组织和疾病组织之间的微环境差异。这些问题都需要把空间定位和蛋白表达结合起来。因此从空间转录组到PCF80并不是简单的技术替换而是研究证据链的补充。空间转录组帮助发现候选区域、候选通路和候选细胞类型PCF80则可进一步在组织原位观察多种蛋白指标的空间表达模式。对于肝脏分区、肝病机制和组织微环境研究PCF80能够提供更接近细胞功能状态的空间蛋白组信息帮助科研人员在不夸大临床意义的前提下形成更稳健的机制解释。【说明】本文仅为科研技术方法介绍不涉及疾病诊断、治疗建议或用药指导。文中提及的研究发现均来自学术文献不构成任何医疗意见。如有健康问题请咨询专业医疗机构。参考文献Yakubovsky, O., Bahar Halpern, K., Shir, S. et al. A spatial atlas of the healthy human liver from live donors. Nature (2026). https://doi.org/10.1038/s41586-026-10377-y
